Mafia 3 conta-nos a história de Lincoln de Barro, um afro-Americano, que acabou de voltar da guerra do Vietnã. Ele era um órfão, até Sammy Robinson, o titular de Sammy do Bar, o adotou quando Lincoln tinha 13 anos de idade. Sammy, sua esposa e seu filho tornou-se como uma família para ele.
Um dia, Sal Marcano oferece Lincoln para tirar Sammy do lugar, mas ele rejeita a oferta. Este, eventualmente, levar para toda a sua família adotiva de ser morto, Lincoln quase morrendo depois de uma grave lesão a si mesmo. Assim que o protagonista recebe de volta em seus pés, ele estabelece uma nova meta – a vingança, que ele vai tentar conseguir com a ajuda de seus três tenentes, Vito, Cassandra e Burke...
